Nadelen van Hydro
De voorwaarden die gelden in het systeem van hydrocultuur (de aanwezigheid van meststoffen en hoge luchtvochtigheid), zorgen voor een omgeving die de groei van Salmonella bevorderen.
Een verder nadeel is de wortelrot door pathogeeninfectie waaronder Verticillium verwelkingsziekte, de door de hoge Vochtgehalte zijn het gevolg, waarbij de hydrocultuur en de verdunning van de aarde op basis van planten met zich meebrengt. Tevens vereisen veel hydrocultuur planten andere soorten meststoffen en insluitsystemen.